Helt præcist hvorfor nogle får skæl, ved man ikke, men sandsynligvis er årsagen til skæl en lille gærsvamp (Malassezia furfur), der normalt findes på huden hos de fleste voksne. Svampen kan findes hos børn, men det er først i puberteten, at den forårsager skæl, da fedtudsondringen øges, hvilket medfører, at balancen i hårbunden ændres, og svampen kan vokse.
Når hårbunden irriteres af svampen, begynder den at overproducere hudceller, og når de dør og pakkes sammen i det øverste hudlag, dannes der hvide skæl, der falder af. Personer med unormal produktion af hudceller og dermed stor afskalning af skæl, har enten unormalt meget af denne svamp i hårbunden eller er ekstra følsomme over for den.